وينتج عن تغيير المواصفات القياسية للماء، عن طريق تغير درجة حرارته أو ملوحته، او ازدياد المواد العالقة به، سواء كانت من أصل عضوي أو غير عضوي. وينتج ازدياد ملوحة الماء غالبا، عن ازدياد كمية التبخر لماء البحيرة، او الانهار في الاماكن الجافة، دون تجديد لها، أو في وجود قلة من مصادر المياه.
كما ان التلوث الفيزيائي الناتج عن ارتفاع درجة الحرارة يكون، في غالب الاحوال، القريبة من المسطحات المائية، في هذه المسطحات، مما ينتج عنه ازدياد درجة الحرارة، ونقص الاكسجين، مما يؤدي إلى موت الكائنات الحية في هذه الاماكن.